L’organisation interne de la FPMA-Paris est la suivante :

• L’Assemblée des Communiants, l’organe de décision le plus élevé de la paroisse.
• Le Conseil Presbytéral composé de 40 diacres, élus pour deux ans par l’Assemblée des Communiants

• Les membres du Bureau Paroissial sont élus par les diacres.
• Le Pasteur est membre d’office du Bureau Paroissial. Paris était la première paroisse locale FPMA à avoir un poste pastoral à titre permanent et financé intégralement par elle-même.
• Le Comité Paroissial, comprenant les diacres et le coordinateur respectif des 7 Branches.
• Les Départements, au nombre de 7 actuellement, constituent les principaux centres d’activités de la paroisse :
  Cercle Féminin (Vehivavy),
  Groupe de Réveil (Fifohazana), 
  Ecole du Dimanche (Sekoly Alahady), 
  Jeunes Chrétiens (sampana Tanora Kristianina), 
  Scouts (Tily), 
  Chorale Fiderana (Antoko Mpihira Fiderana), 
  Musique et Orchestration (Mozika sy Zava-maneno).
• Les Groupes de travail (Tarik’asa) et Les Comités (Komity) sont des groupes de responsables désignés pour mobiliser les paroissiens sur un ou plusieurs objectifs fixés par la paroisse.
• Les Contrôleurs Financiers, désignés par l’Assemblée des Communiants, vérifient les comptes de la paroisse, et contribuent à l’amélioration de la gestion financière par leurs conseils et recommandations.